Theo Điều 5 Luật Thuế bảo vệ môi trường số 57/2010/QH12, người nộp thuế bảo vệ môi trường là tổ chức, hộ gia đình, cá nhân sản xuất hoặc nhập khẩu hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế. Vì vậy, việc xác định người nộp thuế cần dựa đồng thời vào loại hàng hóa và vai trò của chủ thể trong hoạt động sản xuất, nhập khẩu.
Chủ thể sản xuất trong nước phải thực hiện nghĩa vụ thuế khi sản xuất hàng hóa thuộc diện chịu thuế bảo vệ môi trường, xét theo các quy định về thời điểm và số lượng hàng hóa tính thuế. Chẳng hạn, cơ sở sản xuất túi ni lông thuộc diện chịu thuế cần xác định nghĩa vụ thuế đối với lượng hàng hóa chịu thuế phát sinh theo quy định.
Chủ thể nhập khẩu hàng hóa thuộc diện chịu thuế vào Việt Nam là người nộp thuế theo quy định. Ví dụ, doanh nghiệp nhập khẩu dầu nhờn thuộc đối tượng chịu thuế cần thực hiện nghĩa vụ thuế đối với hàng hóa nhập khẩu, trừ trường hợp pháp luật quy định không chịu thuế.

Khi hàng hóa chịu thuế được nhập khẩu theo hình thức ủy thác, người nhận ủy thác nhập khẩu là người nộp thuế bảo vệ môi trường. Do đó, không mặc nhiên xác định bên giao ủy thác là người trực tiếp nộp khoản thuế này.
Nếu tổ chức, hộ gia đình hoặc cá nhân làm đầu mối thu mua than khai thác nhỏ, lẻ mà không xuất trình được chứng từ chứng minh hàng hóa đã nộp thuế bảo vệ môi trường, chính đầu mối thu mua là người nộp thuế. Điều kiện về chứng từ là yếu tố quan trọng: không nên hiểu rằng mọi hoạt động thu mua than đều tự động phát sinh nghĩa vụ thuế ở khâu thu mua.
Điều 3 Luật Thuế bảo vệ môi trường quy định các nhóm hàng hóa chịu thuế. Khi rà soát nghĩa vụ thuế, cần xác định hàng hóa thực tế có thuộc các nhóm sau hay không:
Tên gọi thương mại của sản phẩm không đủ để kết luận có chịu thuế hay không; cần đối chiếu bản chất, đặc tính và phạm vi pháp lý của hàng hóa cụ thể.
Điều 4 Luật Thuế bảo vệ môi trường loại trừ hàng hóa không thuộc danh mục chịu thuế. Ngay cả đối với hàng hóa thuộc danh mục, các trường hợp sau được quy định không chịu thuế khi đáp ứng đầy đủ điều kiện pháp luật:
Cần phân biệt “không chịu thuế” với việc một người không trực tiếp kê khai, nộp thuế. Ví dụ, người tiêu dùng mua xăng sử dụng thường không phải chủ thể trực tiếp kê khai thuế bảo vệ môi trường cho giao dịch mua lẻ, nhưng vì đây là thuế gián thu nên chi phí thuế có thể được phản ánh trong giá hàng hóa.
Có thể rà soát theo ba câu hỏi liên tiếp:
Với hàng hóa và giao dịch có yếu tố đặc thù, cần kiểm tra hồ sơ hải quan, chứng từ mua bán, hồ sơ ủy thác và chứng từ nộp thuế liên quan trước khi xác định trách nhiệm kê khai, nộp thuế.
Người nộp thuế bảo vệ môi trường chủ yếu là tổ chức, hộ gia đình, cá nhân sản xuất hoặc nhập khẩu hàng hóa chịu thuế. Bên nhận ủy thác nhập khẩu và đầu mối thu mua than khai thác nhỏ, lẻ thiếu chứng từ chứng minh đã nộp thuế là hai trường hợp phải lưu ý. Xác định đúng loại hàng hóa, giao dịch và chứng từ là cơ sở để tránh nhầm lẫn nghĩa vụ thuế.