Doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT trong trường hợp nào?

Theo Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 và các văn bản sửa đổi, bổ sung, doanh nghiệp có thể được hoàn thuế GTGT trong những nhóm trường hợp dưới đây nếu đáp ứng điều kiện tương ứng. Quy định hướng dẫn chi tiết được thể hiện tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi.

Điều kiện hoàn thuế GTGT đối với từng trường hợp

Hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

Doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu có thể đề nghị hoàn theo tháng hoặc quý nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết đạt từ 300 triệu đồng. Trường hợp vừa bán trong nước vừa xuất khẩu, phải hạch toán riêng thuế đầu vào dùng cho hoạt động xuất khẩu; nếu không tách riêng được thì phân bổ theo tỷ lệ doanh thu theo quy định.

Hàng hóa nhập khẩu rồi xuất khẩu sang nước khác thuộc trường hợp loại trừ nêu tại luật. Số thuế được hoàn của hoạt động xuất khẩu còn chịu giới hạn theo quy định; không nên đồng nhất toàn bộ thuế đầu vào chưa khấu trừ với số được hoàn.

Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Doanh nghiệp đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới hoặc dự án mở rộng thuộc phạm vi luật định có thể được hoàn thuế đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư khi đủ điều kiện. Thuế đầu vào của dự án phải được kê khai, bù trừ với thuế phải nộp của hoạt động kinh doanh đang thực hiện theo quy định và xác định phần còn đủ điều kiện hoàn.

Doanh nghiệp cần chú ý tình trạng góp vốn điều lệ, điều kiện kinh doanh đối với ngành nghề có điều kiện, tính chất dự án và các trường hợp không được hoàn. Dự án không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp hoặc dự án thuộc diện bị loại trừ không mặc nhiên được hoàn chỉ vì phát sinh chi phí đầu tư.

Hoàn thuế khi chỉ cung cấp hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5%

Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất GTGT 5% được xem xét hoàn nếu thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục hoặc 4 quý liên tục. Cần phân biệt trường hợp “chỉ” kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuế suất 5% với doanh nghiệp có nhiều nhóm thuế suất.

Hoàn thuế khi giải thể, phá sản

Doanh nghiệp tính thuế theo phương pháp khấu trừ khi giải thể hoặc phá sản, có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết có thể thuộc diện hoàn. Việc xử lý phải căn cứ vào hồ sơ chấm dứt hoạt động, quyết toán và quy định quản lý thuế; không áp dụng như một quyền hoàn tự động đối với mọi số dư kế toán.

Các trường hợp đặc thù khác

Quy định còn đề cập việc hoàn thuế đối với một số chương trình, dự án sử dụng ODA không hoàn lại, viện trợ không hoàn lại hoặc viện trợ nhân đạo; đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao; và trường hợp hoàn theo quyết định có thẩm quyền hoặc điều ước quốc tế. Những nhóm này có đối tượng thụ hưởng và hồ sơ riêng, không phải mọi doanh nghiệp thông thường đều áp dụng được.

Doanh nghiệp phải đáp ứng những điều kiện chung nào?

Ngoài việc thuộc trường hợp hoàn thuế, doanh nghiệp cần đáp ứng các yêu cầu áp dụng cho nhóm hoàn thuế của mình, đặc biệt đối với hoàn thuế xuất khẩu, đầu tư, thuế suất 5% và giải thể/phá sản:

• Áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT theo trường hợp luật yêu cầu; tổ chức sổ sách và lưu giữ chứng từ kế toán đúng quy định.
• Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh đối với các trường hợp luật yêu cầu.
• Thuế GTGT đầu vào đề nghị hoàn phải đáp ứng điều kiện khấu trừ: hóa đơn, chứng từ hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với giao dịch thuộc diện bắt buộc.
• Thực hiện kê khai thuế, đối chiếu số liệu và lập hồ sơ hoàn thuế theo từng trường hợp; bảo đảm không kê khai trùng số thuế đã khấu trừ hoặc đã đề nghị hoàn.

Đáng lưu ý, từ ngày 01/01/2026, Luật số 149/2025/QH15 đã bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 về điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế đối với hóa đơn đầu vào. Vì vậy, không nên tiếp tục trình bày yêu cầu này như điều kiện hoàn thuế chung đang có hiệu lực.

Những trường hợp có thuế đầu vào còn dư nhưng chưa được hoàn

Thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết không đồng nghĩa doanh nghiệp chắc chắn được hoàn. Chẳng hạn, doanh nghiệp thương mại chỉ bán hàng trong nước theo mức thuế suất thông thường có thể phải chuyển số thuế đầu vào còn dư sang kỳ sau nếu không thuộc trường hợp hoàn thuế được pháp luật quy định.

Ngoài ra, hồ sơ có hóa đơn không hợp lệ, chưa đáp ứng điều kiện thanh toán, xác định sai thuế đầu vào của hoạt động xuất khẩu, dự án đầu tư thuộc diện loại trừ hoặc chưa đạt mức tối thiểu theo từng trường hợp đều có thể khiến số thuế đề nghị hoàn không đủ điều kiện.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì khi đề nghị hoàn thuế GTGT?

Trước khi nộp hồ sơ, bộ phận kế toán nên thực hiện lần lượt các bước sau:

• Xác định căn cứ hoàn thuế: xuất khẩu, đầu tư, thuế suất 5%, giải thể/phá sản hoặc trường hợp khác.
• Đối chiếu tờ khai GTGT, sổ chi tiết thuế đầu vào và số thuế đã khấu trừ, chuyển kỳ sau; tách và phân bổ đúng số thuế theo hoạt động.
• Kiểm tra hóa đơn điện tử, hợp đồng, chứng từ thanh toán, hồ sơ hải quan hoặc hồ sơ dự án tương ứng với từng trường hợp.
• Lập giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước cùng tài liệu theo quy định quản lý thuế và nộp đến cơ quan thuế có thẩm quyền bằng phương thức được chấp nhận.
• Theo dõi yêu cầu bổ sung/giải trình và quyết định xử lý; lưu chứng từ đầy đủ để phục vụ kiểm tra sau hoàn nếu có.

Hồ sơ cụ thể không giống nhau ở mọi trường hợp. Doanh nghiệp cần sử dụng biểu mẫu và yêu cầu thủ tục quản lý thuế còn hiệu lực tại thời điểm gửi đề nghị, thay vì chỉ dựa vào một bộ chứng từ mẫu chung.

Kết luận

Để xác định điều kiện hoàn thuế GTGT, doanh nghiệp cần kiểm tra đồng thời ba yếu tố: trường hợp hoàn được pháp luật cho phép, số thuế đầu vào đủ điều kiện và hồ sơ chứng minh. Việc rà soát đúng từ đầu giúp phân biệt khoản thuế được hoàn với khoản chỉ được tiếp tục khấu trừ trong kỳ sau.