Doanh nghiệp mới thành lập cần thực hiện những thủ tục thuế nào?

Về cơ bản, doanh nghiệp cần kiểm tra mã số thuế và thông tin đăng ký; thiết lập tài khoản giao dịch thuế điện tử và phương thức ký, xác thực phù hợp; đăng ký hóa đơn điện tử trước khi sử dụng; xác định phương pháp tính, kỳ kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT); theo dõi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), thuế thu nhập cá nhân (TNCN) và các sắc thuế đặc thù nếu có.

Điểm đáng chú ý năm 2026: từ ngày 01/01/2026, doanh nghiệp không phải khai hoặc nộp lệ phí môn bài cho năm 2026 và các năm tiếp theo. Nghĩa vụ tồn đọng của năm 2025 trở về trước, nếu có, vẫn cần xử lý.

1. Kiểm tra mã số thuế và thông tin đăng ký doanh nghiệp

Doanh nghiệp đăng ký thành lập theo cơ chế một cửa liên thông thường đã được đăng ký thuế cùng thủ tục đăng ký doanh nghiệp; không phải nộp thêm một bộ hồ sơ đăng ký thuế lần đầu chỉ để được cấp lại mã số thuế. Mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế của doanh nghiệp trong cơ chế này.

Ngay khi nhận giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, cần đối chiếu tên, địa chỉ trụ sở, người đại diện theo pháp luật, mã số thuế và thông tin liên hệ. Nếu có thay đổi, thực hiện thủ tục cập nhật qua kênh phù hợp, phân biệt thông tin phải thay đổi tại cơ quan đăng ký kinh doanh với thông tin đăng ký thuế phải thông báo trực tiếp.

Trường hợp tổ chức không thuộc cơ chế liên thông hoặc phát sinh đơn vị, mã số thuế riêng, thời hạn và hồ sơ đăng ký trực tiếp cần xác định theo từng đối tượng; không áp dụng máy móc thời hạn đăng ký thuế trực tiếp cho mọi công ty vừa thành lập.

2. Thiết lập giao dịch thuế điện tử và chứng từ kế toán

• Kích hoạt hoặc kiểm tra tài khoản giao dịch thuế điện tử của doanh nghiệp trên hệ thống được cơ quan thuế chấp nhận; phân quyền cho người phụ trách.
• Chuẩn bị chữ ký số hoặc phương thức xác thực điện tử hợp lệ để ký, gửi hồ sơ và thực hiện giao dịch.
• Thiết lập tài khoản thanh toán của doanh nghiệp, quy trình nộp thuế điện tử và kiểm soát chứng từ thanh toán.
• Tổ chức lưu trữ hóa đơn, hợp đồng, chứng từ thu chi, bảng lương và sổ kế toán ngay từ ngày phát sinh nghiệp vụ.

Chữ ký số, phần mềm kế toán và tài khoản ngân hàng là những điều kiện hỗ trợ vận hành thường gặp; không nên đồng nhất việc mua một sản phẩm cụ thể với một thủ tục đăng ký thuế bắt buộc.

3. Đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử

Trước khi sử dụng hóa đơn điện tử, doanh nghiệp phải hoàn thành đăng ký sử dụng theo quy định áp dụng. Cần chọn loại hóa đơn phù hợp với hình thức kinh doanh và điều kiện sử dụng, cấu hình dữ liệu người bán, kiểm tra kết quả tiếp nhận hoặc chấp thuận trên hệ thống trước khi xuất hóa đơn.

Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, doanh nghiệp phải lập hóa đơn điện tử theo đúng thời điểm và nội dung pháp luật quy định, trừ trường hợp được loại trừ. Không nên đợi đến khi khách hàng thanh toán mới mặc nhiên lập hóa đơn; thời điểm lập phụ thuộc từng nghiệp vụ.

Từ 01/07/2026, Nghị định 254/2026/NĐ-CP là một trong những văn bản quan trọng điều chỉnh hóa đơn điện tử và chứng từ điện tử. Doanh nghiệp cần sử dụng quy trình, mẫu đăng ký và chuẩn dữ liệu đang được hệ thống thuế áp dụng tại thời điểm thao tác.

4. Xác định phương pháp và kỳ kê khai thuế GTGT

Doanh nghiệp phải xác định hoạt động thuộc diện chịu thuế, không chịu thuế hoặc trường hợp đặc thù; đồng thời áp dụng phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp khi đủ điều kiện pháp lý tương ứng. Việc sử dụng hóa đơn và cách tính thuế phụ thuộc vào phương pháp đang áp dụng.

Kỳ kê khai có thể theo tháng hoặc quý nếu đáp ứng điều kiện. Với doanh nghiệp vừa bắt đầu hoạt động, cần kiểm tra quy định xác định kỳ khai của năm đầu và quy định về chuyển kỳ khai; không mặc định mọi doanh nghiệp mới đều khai theo quý trong mọi trường hợp.

Không phát sinh doanh thu hoặc số thuế phải nộp không đồng nghĩa đương nhiên được miễn nộp tờ khai GTGT. Doanh nghiệp phải đối chiếu các trường hợp không phải nộp hồ sơ theo quy định quản lý thuế hiện hành.

5. Theo dõi tạm nộp và quyết toán thuế TNDN

Doanh nghiệp cần xác định doanh thu, chi phí được trừ, thu nhập tính thuế và chính sách ưu đãi (nếu đủ điều kiện). Về nguyên tắc, thuế TNDN gắn với việc tạm nộp trong năm và quyết toán theo kỳ tính thuế; số thuế phải nộp không thể suy ra chỉ từ vốn điều lệ hoặc việc đã được cấp giấy phép.

Năm 2026 có các chính sách cần rà soát riêng. Doanh nghiệp nhỏ và vừa đáp ứng điều kiện có thể thuộc diện miễn thuế TNDN trong ba năm đầu kể từ khi được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, song không phải mọi doanh nghiệp mới đều đương nhiên được hưởng. Các trường hợp loại trừ và điều kiện liên kết, chuyển đổi phải được kiểm tra.

Theo quy định năm 2026 về tạm nộp, doanh nghiệp mới thành lập trong kỳ tính thuế và dự kiến doanh thu cả kỳ không quá 1 tỷ đồng có thể thuộc trường hợp không phải tạm nộp TNDN. Trường hợp cuối kỳ doanh thu thực tế vượt ngưỡng, vẫn phải kê khai, quyết toán theo quy định. Không tạm nộp không đồng nghĩa miễn quyết toán.

6. Xác định nghĩa vụ thuế TNCN khi trả thu nhập

Khi có lao động hoặc chi trả thu nhập cho cá nhân, doanh nghiệp cần xác định các khoản phải khấu trừ, kê khai và lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN theo trường hợp áp dụng. Cần kiểm tra thông tin định danh của người nhận thu nhập, hồ sơ người phụ thuộc (nếu có) và điều kiện ủy quyền quyết toán.

Nếu chưa có người lao động hoặc không phát sinh khoản chi trả, doanh nghiệp không nên tự động nộp mọi biểu mẫu TNCN theo lịch cố định; phải kiểm tra nghĩa vụ khai và các trường hợp không phải nộp hồ sơ theo quy định hiện hành.

7. Lập lịch khai, nộp thuế và kiểm tra các khoản thuế đặc thù

Ngay từ kỳ hoạt động đầu tiên, nên lập lịch theo từng sắc thuế: kỳ kê khai, hạn nộp hồ sơ, hạn nộp tiền, người phụ trách và chứng từ xác nhận hoàn tất. Hạn nộp có thể khác nhau giữa khai tháng, khai quý, quyết toán năm hoặc từng lần phát sinh; khi rơi vào ngày nghỉ phải đối chiếu quy tắc tính thời hạn hiện hành.

Doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu, hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, khai thác tài nguyên, hoạt động có nghĩa vụ thuế nhà thầu hoặc các giao dịch đặc thù cần xác định thêm những nghĩa vụ tương ứng. Không phải mọi doanh nghiệp đều có các loại thuế này.

Bảng kiểm thủ tục thuế cho doanh nghiệp mới thành lập

Những sai sót doanh nghiệp mới nên tránh

• Áp dụng hướng dẫn cũ yêu cầu khai, nộp lệ phí môn bài cho năm 2026.
• Tưởng rằng có mã số thuế thì đã hoàn tất đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
• Đồng nhất không phát sinh doanh thu với không phải gửi hồ sơ khai thuế.
• Tự nhận ưu đãi miễn TNDN mà chưa kiểm tra tiêu chí và trường hợp loại trừ.
• Không lưu thông báo tiếp nhận hồ sơ, kết quả xử lý và chứng từ nộp tiền thuế.

Kết luận

Thủ tục thuế doanh nghiệp mới thành lập không chỉ là một lần đăng ký mà gồm cả thiết lập hệ thống điện tử, hóa đơn và thực hiện nghĩa vụ theo từng kỳ. Công ty nên kiểm tra thông tin đăng ký ngay sau khi thành lập, chủ động thiết lập lịch thuế và phân biệt nghĩa vụ áp dụng chung với nghĩa vụ chỉ phát sinh khi có giao dịch hoặc đủ điều kiện nhất định.