Doanh nghiệp mới thành lập phải nộp những loại thuế nào?

Các loại thuế doanh nghiệp mới thành lập phải nộp thường cần xem xét gồm thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và nghĩa vụ khấu trừ, kê khai thuế thu nhập cá nhân (TNCN) khi chi trả thu nhập. Tùy hoạt động thực tế, doanh nghiệp còn có thể phát sinh thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường hoặc thuế tài nguyên.

Thuế giá trị gia tăng (GTGT)

Thuế GTGT liên quan đến việc bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế. Một số hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế; một số áp dụng thuế suất 0%, 5%, mức phổ thông 10% hoặc mức giảm theo chính sách có hiệu lực tại thời điểm phát sinh giao dịch. Vì vậy không thể mặc định toàn bộ hóa đơn của doanh nghiệp mới đều tính 10%.

Doanh nghiệp tính thuế GTGT bằng cách nào?

Theo phương pháp khấu trừ, số thuế GTGT phải nộp về nguyên tắc bằng thuế GTGT đầu ra trừ thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ. Theo phương pháp trực tiếp, việc tính thuế dựa vào quy định riêng cho đối tượng và hoạt động áp dụng. Doanh nghiệp cần xác định đúng phương pháp ngay từ quá trình tổ chức chứng từ và hóa đơn.

Doanh nghiệp chưa bán hàng, chưa phát sinh thuế GTGT đầu ra có thể chưa có số thuế phải nộp, nhưng nghĩa vụ hồ sơ khai thuế phải được xác định riêng theo kỳ kê khai và tình trạng hoạt động. Không nên đồng nhất “không phải nộp tiền thuế” với “không phải kê khai”.

Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Thuế TNDN thường được xác định trên thu nhập tính thuế, sau khi tính đến các khoản điều chỉnh và ưu đãi theo quy định. Thuế suất phổ thông là 20%; mức 15% có thể áp dụng với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng và mức 17% với doanh nghiệp có tổng doanh thu năm trên 3 tỷ đến không quá 50 tỷ đồng, khi đáp ứng đầy đủ điều kiện. Doanh nghiệp mới thành lập cần chú ý cách xác định doanh thu dự kiến và doanh thu thực tế, cũng như các trường hợp không được áp dụng mức ưu đãi do quan hệ liên kết.

Các trường hợp miễn thuế TNDN đáng chú ý năm 2026

• Doanh nghiệp, tổ chức đủ điều kiện có tổng doanh thu năm từ 1 tỷ đồng trở xuống được miễn thuế TNDN theo quy định áp dụng từ năm 2026. Doanh nghiệp mới thành lập dự kiến doanh thu kỳ tính thuế không quá ngưỡng này có quy định riêng về tạm nộp; cuối kỳ phải đối chiếu số liệu thực tế.
• Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu có thể được miễn thuế TNDN trong 3 năm kể từ khi được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Không áp dụng máy móc cho doanh nghiệp mới do chia, tách, sáp nhập, chuyển đổi hoặc các trường hợp bị loại trừ theo quy định.

Các chính sách miễn thuế có điều kiện và cần kiểm tra nguyên tắc áp dụng khi đồng thời đáp ứng nhiều diện ưu đãi. Miễn thuế không đồng nghĩa tự động bỏ mọi nghĩa vụ sổ sách, kê khai, quyết toán. Doanh nghiệp nên lưu chứng từ chứng minh điều kiện được hưởng.

Thuế thu nhập cá nhân (TNCN) khi doanh nghiệp trả lương

TNCN là khoản thuế gắn với thu nhập của cá nhân, không phải một sắc thuế đánh trực tiếp trên lợi nhuận doanh nghiệp. Tuy nhiên, khi trả tiền lương, tiền công hoặc khoản thu nhập thuộc diện khấu trừ, doanh nghiệp có trách nhiệm tính, khấu trừ, kê khai và nộp số thuế theo quy định.

Với tiền lương, tiền công của cá nhân cư trú thuộc diện áp dụng biểu lũy tiến, số thuế phụ thuộc thu nhập tính thuế sau các khoản giảm trừ phù hợp. Các khoản trả cho cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc hợp đồng dưới 3 tháng có quy tắc khấu trừ riêng; từ quy định năm 2026, cần lưu ý ngưỡng chi trả từ 5 triệu đồng/lần đối với trường hợp khấu trừ 10%. Doanh nghiệp cần phân loại đúng hợp đồng và đối tượng nhận thu nhập.

Những khoản thuế chỉ phát sinh theo ngành nghề hoặc giao dịch

Không phải doanh nghiệp mới nào cũng phát sinh các khoản dưới đây. Chỉ kiểm tra khi có nghiệp vụ thuộc phạm vi điều chỉnh:

• Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu: khi xuất, nhập hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế, sau khi xét mã hàng, trị giá, xuất xứ và chính sách liên quan.
• Thuế tiêu thụ đặc biệt: khi kinh doanh hoặc nhập khẩu hàng hóa, dịch vụ thuộc danh mục chịu thuế theo pháp luật.
• Thuế bảo vệ môi trường: đối với hàng hóa thuộc diện chịu thuế, theo khâu phát sinh nghĩa vụ được quy định.
• Thuế tài nguyên: khi có hoạt động khai thác tài nguyên thuộc đối tượng chịu thuế.

Ngoài thuế, một số doanh nghiệp còn có thể phát sinh nghĩa vụ tài chính về đất đai, phí và lệ phí theo hồ sơ, tài sản hoặc hoạt động riêng. Những khoản này không nên gộp tất cả thành “thuế bắt buộc cho mọi doanh nghiệp”.

Doanh nghiệp mới thành lập có phải nộp lệ phí môn bài không?

Không. Kể từ ngày 01/01/2026, Việt Nam chấm dứt thu, nộp lệ phí môn bài. Đối với năm 2026 và những năm tiếp theo, doanh nghiệp không phải nộp lệ phí môn bài và không phải nộp hồ sơ khai lệ phí môn bài. Các khoản phát sinh thuộc năm 2025 trở về trước, nếu còn nghĩa vụ, được xử lý theo quy định tương ứng.

Cách xác định nghĩa vụ thuế sau khi thành lập

Để tránh nhầm lẫn giữa một sắc thuế có thể phát sinh và số thuế thực tế phải nộp, doanh nghiệp nên rà soát theo trình tự:

1. Xác định hàng hóa, dịch vụ, thị trường và nghiệp vụ xuất nhập khẩu hoặc ngành nghề có thuế chuyên biệt.
2. Xác định phương pháp kê khai GTGT, kỳ khai thuế, việc sử dụng hóa đơn và chứng từ.
3. Ước tính doanh thu, theo dõi chi phí, xác định thu nhập tính thuế và kiểm tra điều kiện miễn, ưu đãi TNDN.
4. Kiểm tra hợp đồng lao động, khoản chi trả cho cá nhân và trách nhiệm khấu trừ TNCN.
5. Theo dõi lịch nộp hồ sơ, tạm nộp, quyết toán và lưu trữ chứng từ ngay cả khi số thuế phải nộp bằng 0.

Ví dụ, công ty cung cấp dịch vụ mới thành lập có thể cần xử lý GTGT với hóa đơn dịch vụ và TNCN khi trả lương, nhưng chưa phát sinh TNDN phải nộp nếu đáp ứng điều kiện miễn thuế. Trái lại, doanh nghiệp nhập khẩu mặt hàng chịu thuế chuyên ngành còn phải xem xét nghĩa vụ thuế tại khâu nhập khẩu.

Kết luận

Năm 2026, các nhóm nghĩa vụ thuế cần kiểm tra trước tiên là GTGT, TNDN và TNCN khi trả thu nhập; các sắc thuế khác phụ thuộc ngành nghề, giao dịch. Lệ phí môn bài đã được bãi bỏ. Quan trọng nhất là xác định đúng điều kiện miễn thuế, thời điểm phát sinh và nghĩa vụ kê khai thay vì mặc định doanh nghiệp mới phải nộp tất cả các khoản thuế ngay khi thành lập.