Kiểm tra hóa đơn đầu vào hợp pháp cần xem xét những gì?

Doanh nghiệp nên thực hiện theo bốn lớp: xác thực dữ liệu hóa đơn; kiểm tra các chỉ tiêu bắt buộc và tình trạng xử lý; xác minh người bán và giao dịch; đánh giá điều kiện kê khai, khấu trừ hoặc ghi nhận chi phí theo quy định áp dụng. Một hóa đơn xuất hiện trên hệ thống tra cứu không tự động chứng minh hàng hóa, dịch vụ đã mua bán thực tế hoặc khoản thuế đầu vào chắc chắn được khấu trừ.

Từ ngày 01/07/2026, việc rà soát hóa đơn điện tử cần lưu ý Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC. Với hóa đơn phát sinh ở thời kỳ trước, cần đối chiếu quy định có hiệu lực tại thời điểm phát sinh, bao gồm các quy định chuyển tiếp liên quan; không áp dụng máy móc quy định mới cho mọi hóa đơn cũ.

Quy trình kiểm tra hóa đơn điện tử đầu vào

Bước 1: Thu thập hóa đơn gốc và dữ liệu giao dịch

Yêu cầu bên bán cung cấp hóa đơn điện tử ở định dạng dữ liệu gốc (thường là XML) cùng bản thể hiện PDF nếu có. Ghi nhận mã số thuế người bán, ký hiệu mẫu số, ký hiệu hóa đơn, số hóa đơn, ngày lập, mã cơ quan thuế nếu thuộc loại có mã và tổng tiền thanh toán. PDF hoặc ảnh chụp giúp đọc nội dung nhưng không nên là căn cứ duy nhất để xác thực.

Bước 2: Tra cứu trên hệ thống hóa đơn điện tử của cơ quan thuế

Truy cập cổng hóa đơn điện tử của cơ quan thuế tại cổng hóa đơn điện tử của cơ quan thuế và chọn chức năng tra cứu phù hợp với loại hóa đơn, quyền truy cập và giao diện đang được cung cấp. Nhập đúng các trường hệ thống yêu cầu rồi đối chiếu kết quả với dữ liệu gốc nhận từ bên bán. Nếu doanh nghiệp dùng tài khoản quản lý hóa đơn mua vào hoặc phần mềm kết nối hợp lệ, có thể đối chiếu dữ liệu nhận từ hệ thống đó.

Cần phân biệt trường hợp hóa đơn chưa tra cứu được do nhập sai thông tin, độ trễ xử lý hoặc quyền truy cập với trường hợp có cảnh báo hay dữ liệu không khớp. Kết quả “không tìm thấy” không đủ để tự kết luận hóa đơn giả; trước tiên hãy kiểm tra lại thông tin, hỏi bên bán và liên hệ cơ quan thuế khi cần.

Bước 3: Đối chiếu nội dung, trạng thái và tính toàn vẹn

Kiểm tra tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán và người mua theo yêu cầu tương ứng; số và ký hiệu hóa đơn; thời điểm lập; tên hàng hóa, dịch vụ; số lượng, đơn giá, thành tiền, thuế suất và tiền thuế. Các trường có ngoại lệ hoặc cách thể hiện riêng tùy loại hóa đơn và giao dịch nên phải đối chiếu theo quy định áp dụng.

Với hóa đơn điện tử có mã, so khớp mã của cơ quan thuế và dữ liệu liên quan. Với hóa đơn không có mã, xác định dữ liệu đã được gửi/tiếp nhận theo cơ chế áp dụng và kiểm tra trạng thái trên hệ thống có thẩm quyền khi có thể. Kiểm tra thông tin điều chỉnh, thay thế, hủy hoặc thông báo sai sót để tránh sử dụng một bản hóa đơn không còn phản ánh giá trị cuối cùng của giao dịch.

Bước 4: Kiểm chứng người bán và nghiệp vụ kinh tế

Đối chiếu mã số thuế, tên pháp lý và tình trạng hoạt động của nhà cung cấp với thông tin đăng ký thuế đáng tin cậy. Xem hợp đồng, đơn đặt hàng, biên bản nghiệm thu, phiếu nhập kho, vận đơn, chứng từ bàn giao và trao đổi đặt mua tùy bản chất giao dịch. Xác định hàng hóa, dịch vụ thực tế phục vụ hoạt động doanh nghiệp và phù hợp với số tiền trên hóa đơn.

Không suy luận rằng nhà cung cấp hiện đã ngừng hoạt động thì mọi hóa đơn họ từng phát hành đều bất hợp pháp. Cần xem thời điểm giao dịch, tình trạng hóa đơn và thông tin xác minh cụ thể.

Bước 5: Đối chiếu thanh toán và điều kiện thuế

Đối chiếu công nợ, phiếu chi, sao kê, ủy nhiệm chi hoặc bằng chứng thanh toán phù hợp. Nếu doanh nghiệp dự kiến khấu trừ thuế GTGT đầu vào, phải kiểm tra đồng thời loại hóa đơn/chứng từ hợp lệ, mục đích sử dụng đầu vào và điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định hiện hành, bao gồm các ngoại lệ và trường hợp đặc thù. Không nên mặc nhiên sử dụng ngưỡng thanh toán trong các hướng dẫn thuế của nhiều năm trước.

Tính hợp pháp của hóa đơn, điều kiện khấu trừ thuế GTGT và điều kiện tính chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp là ba vấn đề có liên hệ nhưng không đồng nhất. Mỗi kết luận phải dựa trên bộ điều kiện tương ứng.

Các dấu hiệu cần tạm dừng kê khai để xác minh

• Thông tin số hóa đơn, ký hiệu, mã cơ quan thuế hoặc tổng tiền không khớp giữa tệp gốc và kết quả tra cứu.
• Hóa đơn có thông tin sai về chủ thể, hàng hóa, dịch vụ hoặc có thông báo điều chỉnh/thay thế chưa được xử lý trong sổ sách.
• Người bán không xác nhận đã phát hành hóa đơn hoặc giao dịch thiếu bằng chứng giao nhận, nghiệm thu.
• Dữ liệu hóa đơn bị sửa đổi, tệp gốc không đọc được hoặc tài liệu do nhiều bên cung cấp mâu thuẫn nhau.
• Có cảnh báo rủi ro từ cơ quan thuế hoặc dấu hiệu giao dịch không có thật.

Các dấu hiệu trên là căn cứ để rà soát, chưa phải kết luận pháp lý cuối cùng về hóa đơn. Đặc biệt, việc thiếu một loại chứng từ nội bộ không tự nó chứng minh hóa đơn bất hợp pháp nếu có các chứng cứ phù hợp khác.

Xử lý khi hóa đơn đầu vào có sai sót hoặc không tra cứu được

1. Đối chiếu lại thông tin truy vấn và tệp dữ liệu gốc; kiểm tra xem hóa đơn thuộc loại có mã hay không có mã.
2. Liên hệ người bán, yêu cầu xác minh tình trạng gửi dữ liệu và cung cấp hồ sơ liên quan; không tự ý sửa nội dung hóa đơn gốc.
3. Nếu có sai sót, phối hợp với người bán xử lý theo phương thức điều chỉnh, thay thế hoặc thủ tục phù hợp với quy định tại thời điểm xử lý; lưu đủ hóa đơn và thông báo liên quan.
4. Nếu nghi ngờ giả mạo hoặc không có giao dịch thực, tạm dừng sử dụng để kê khai, báo bộ phận phụ trách thuế và liên hệ cơ quan thuế quản lý khi cần.
5. Nếu đã kê khai bằng dữ liệu sai, đánh giá nghĩa vụ khai bổ sung, điều chỉnh sổ kế toán và hồ sơ thuế theo trường hợp cụ thể.

Checklist kiểm tra trước khi hạch toán và kê khai

Kết luận

Để kiểm tra hóa đơn đầu vào hợp pháp, doanh nghiệp cần kết hợp tra cứu trên hệ thống cơ quan thuế với kiểm tra nội dung hóa đơn và chứng từ của giao dịch thực. Hãy xác minh các điểm bất thường trước khi kê khai, đồng thời đánh giá riêng điều kiện khấu trừ thuế và hồ sơ chi phí theo thời điểm phát sinh.