Theo Điều 3 Luật Thuế tài nguyên (đã được sửa đổi, bổ sung), người nộp thuế tài nguyên về nguyên tắc là tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên thuộc đối tượng chịu thuế. Quy định này có ngoại lệ đối với hoạt động khai thác tài nguyên tại mỏ, cụm mỏ, lô dầu khí khai thác tận thu theo pháp luật về dầu khí.
Những tài nguyên có thể thuộc diện chịu thuế bao gồm khoáng sản kim loại, khoáng sản không kim loại, dầu thô, khí thiên nhiên, sản phẩm rừng tự nhiên, hải sản tự nhiên, nước thiên nhiên và các tài nguyên khác theo quy định. Tuy nhiên, có hoạt động thuộc diện miễn thuế; vì vậy cần phân biệt người có nghĩa vụ thuế với số thuế thực tế phải nộp.

Đối với hoạt động khai thác khoáng sản, chủ thể được cấp giấy phép khai thác theo quy định là người nộp thuế. Nếu tổ chức được cấp phép có văn bản giao đơn vị trực thuộc thực hiện khai thác thì mỗi đơn vị trực tiếp khai thác là người nộp thuế. Trường hợp được phép hợp tác khai thác và văn bản có quy định riêng về người nộp thuế, việc xác định thực hiện theo văn bản đó.
Doanh nghiệp được thành lập trên cơ sở liên doanh để khai thác tài nguyên là người nộp thuế tài nguyên. Với hợp đồng hợp tác kinh doanh giữa bên Việt Nam và bên nước ngoài, trách nhiệm nộp thuế phải được xác định rõ trong hợp đồng. Nếu hợp đồng không chỉ định bên chịu trách nhiệm, các bên phải kê khai, nộp thuế hoặc cử đại diện nộp thuế theo quy định.
Khi tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nhỏ lẻ bán cho đầu mối thu mua, bên thu mua trở thành người nộp thuế nếu có cam kết chấp thuận bằng văn bản về việc kê khai, nộp thuế thay cho người khai thác. Không phải mọi đơn vị mua tài nguyên đều mặc nhiên phải nộp loại thuế này.
Tổ chức, cá nhân nhận thầu thi công công trình có phát sinh sản lượng tài nguyên trong quá trình thi công, nếu việc khai thác để sử dụng hoặc tiêu thụ được cơ quan có thẩm quyền cho phép hoặc không trái quy định quản lý khai thác, phải kê khai và nộp thuế tài nguyên tại địa phương nơi tài nguyên phát sinh.
Tổ chức, cá nhân dùng nước từ công trình thủy lợi để phát điện là người nộp thuế tài nguyên, không phân biệt nguồn vốn đầu tư công trình. Nếu đơn vị quản lý công trình thủy lợi cung cấp nước cho tổ chức, cá nhân khác để sản xuất nước sinh hoạt hoặc sử dụng vào mục đích khác ngoài phát điện, đơn vị quản lý công trình thủy lợi là người nộp thuế theo quy định.
Với tài nguyên thuộc diện chịu thuế, bị bắt giữ hoặc tịch thu do cấm khai thác hay khai thác trái phép và được phép bán ra, tổ chức được giao bán có trách nhiệm kê khai, nộp thuế tài nguyên theo từng lần phát sinh theo quy định.
Khi xác định người nộp thuế tài nguyên trong một hoạt động cụ thể, cần kiểm tra lần lượt:
Ví dụ, một đơn vị chỉ mua đá từ doanh nghiệp khai thác thông thường không tự động là người nộp thuế tài nguyên. Ngược lại, đầu mối thu mua tài nguyên khai thác nhỏ lẻ có văn bản cam kết kê khai, nộp thay có thể là người nộp thuế theo quy định riêng.
Việc được xác định là chủ thể khai thác tài nguyên không đồng nghĩa mọi sản lượng đều phát sinh số thuế phải nộp. Pháp luật có các trường hợp miễn thuế, chẳng hạn khai thác hải sản tự nhiên, nước thiên nhiên do hộ gia đình, cá nhân khai thác phục vụ sinh hoạt, hoặc một số hoạt động khai thác đất để sử dụng tại chỗ đáp ứng điều kiện luật định. Trường hợp cụ thể cần đối chiếu đồng thời quy định về đối tượng chịu thuế và miễn thuế.
Người nộp thuế tài nguyên chủ yếu là tổ chức, cá nhân trực tiếp khai thác tài nguyên thuộc diện chịu thuế. Tuy nhiên, đối với hoạt động liên doanh, hợp tác, khai thác nhỏ lẻ qua đầu mối thu mua, thi công công trình, sử dụng nước thủy lợi hoặc bán tài nguyên bị tịch thu, người có trách nhiệm nộp thuế phải được xác định theo quy định riêng của từng trường hợp.